XSERVE

05/10/2005

CARACTERISTIQUES:

Nom complet:

xserve.math.univ-montp2.fr

Adresse:

162.38.126.82

Système d'exploitation:

Mac OS X Server Version 10.3.9

Processeur:

biprocesseur 2 Ghz PowerPC G5

Mémoire:

4Go DDR SDRAM

Espace utilisateurs:

Disque RAID 700 Go

Espace privé:

153 Go

 

R, version 2.1.1 du 20-06-2005

• Utilisation depuis un poste Unix:
• Commande:
/usr/local/bin/R, raccourci vers /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.1.1/Resources/bin/R
mode ligne-à-ligne.
• Aide:
Par défaut, la commande help affiche ses résultats dans la fenêtre de travail, parmi les lignes de commandes (ex. help("help")).
Pour afficher l'aide dans le navigateur mozilla,
• quitter mozilla s'il tourne déjà éventuellement en local,
• taper options(browser="/sw/bin/mozilla");
  ne pas tenir compte des messages d'erreur: "no running window found" en particulier.
• puis, par exemple, taper: help.start().
• Graphiques:
Les graphiques s'affichent automatiquement en local dans une fenêtre X11.
• Impression:
• Impression dans un fichier ps:
>postscript("toto.ps")
>plot(x,y) # à ce niveau, le fichier toto.ps est créé, mais est vide
>dev.off() # le fichier toto.ps est rempli et fermé

• Impression dans un fichier ps et sur l'imprimante par défaut:
>postscript("toto.ps",print.it=TRUE)
>plot(x,y) # à ce niveau, le fichier toto.ps est créé, mais est vide
>dev.off() # le fichier toto.ps est rempli, fermé et imprimé.
• Utilisation depuis un poste Mac OS:

Activer l'application Finder.
Dans la barre d'onglets, cliquer sur Aller, puis Se connecter au serveur.
Choisir 162.38.126.82; s'identifier.
Monter le Volume Applications, puis cliquer sur R pour lancer R en mode fenêtre
Attention, l'exécution est locale.

 

MATHEMATICA, version 5.1

Le Groupement de Services GDS 2754 Mathrice met à la disposition des UMR CNRS de mathématiques deux jetons (en fait deux pour le noyau plus deux pour l'interface graphique). Leur utilisation est soumise à certaines recommandations; en particulier, prière de penser à ne pas monopoliser de jeton.

• Utilisation ligne-à-ligne depuis un poste Unix:
• Commande:
Le lien /usr/local/bin/math -> /Applications/Mathematica\ 5.1.app/Contents/MacOs/MathKernel ne permet pas l'exécution correcte de MathKernel; on peut éluder le problème en définissant dans son fichier .bash_profile les alias suivants:
 alias math= "/Applications/'Mathematica 5.1.app'/Contents/MacOs/MathKernel"
 alias xterm="xterm -ls"
et on accède à mathematica par la commande math (l'option ls dans le second alias force la commande xterm à lire le fichier .bash_profile; on conserve donc le premier alias lors d'un appel à xterm).
• Aide:
Exemple:
?Sin: un peu d'aide sur sinus;
??Sin: beaucoup d'aide sur sinus;
?Sin*: liste toutes les fonctions qui commencent par Sin.

• Graphique:
La création de graphiques semble impossible; cette utilisation est à réserver à du calcul pur.
• Utilisation depuis un poste Unix en mode fenêtre:

Il est possible d'exécuter le noyau de Mathematica sur xserve en bénéficiant de l'interface graphique de Mathematica qui tourne sur sigma. Cette interface graphique doit être configurée pour accéder au noyau sur xserve.

1. configuration de l'interface graphique de sigma pour l'utilisation du noyau de xserve:
• se connecter à sigma
• passer la commande mathematica &
  et ne rien faire dans la fenêtre mathematica sinon c'est le noyau local qui est activé
• choisir successivement les onglets suivants:
- Kernel
- Kernel Configuration Options
- add
S'ouvre une fenêtre dont les champs sont à remplir:
 . Connection Name: xserve
 . activer Basic Options et Remote machine
 . Shell Command...: /Applications/Mathematica\ 5.1.app/Contents/MacOs/MathKernel
 . Remote Computer...: xserve.math.univ-montp2.fr
 . Session File: None
 . activer Advanced Options
 . Arguments passed..: -LinkMode Listen -LinkProtocol TCP -LinkOptions MLDontInteract
 . String passed..: ssh -l nom_utilisateur xserve "/Applications/Mathematica\ 5.1.app/Contents/MacOs/MathKernel" -mathlink -LinkMode Connect -LinkProtocol TCP -LinkName "`linkname`"
 . cliquer sur OK pour fermer la fenêtre et encore une fois pour fermer la fenêtre properties

• dans la fenêtre mathematica initiale choisir successivement les onglets:
- Kernel
- Default Kernel
- xserve

2. Autorisation d'accès de sigma à xserve:
• se connecter à sigma
• passer la commande ssh-keygen -t dsa
• recopier le fichier ~/.ssh/id_dsa.pub dans xserve:~/.ssh/authorized_keys
3. Utilisation du noyau de xserve via l'interface graphique de sigma:
• se connecter à sigma
• passer la commande mathematica &
  c'est normalement le noyau Mathematica de xserve qui est actif.

NB - Les étapes 1 et 2 sont à exécuter une fois seulement;
- Dans l'étape 1, la plupart des cases sont préremplies;
- Si on change de noyau, il faut bien arrêter le noyau en cours, sinon il reste actif et monopolise inutilement un jeton.
- Activer le pavé numérique peut causer certains ennuis...


• Utilisation depuis un poste Mac OS:

Activer l'application Finder.
Dans la barre d'onglets, cliquer sur Aller, puis Se connecter au serveur.
Choisir 162.38.126.82; s'identifier.
Monter le Volume Applications, puis cliquer sur Mathematica pour lancer Mathematica en mode fenêtre
Attention, l'exécution est locale.

 

MATLAB, version 7.0.4.352 (R14) SP2, 29 janvier 2005

Le Groupement de Services GDS 2754 Mathrice met à la disposition des UMR CNRS de mathématiques vingt jetons pour le noyau Matlab, deux jetons pour le module analyse d'images, et un jeton pour chacun des modules: conception de filtres, identification de paramètres, réseaux de neurones, optimisation, equations aux dérivées partielles, Simulink, théorie du signal, statistiques, ondelettes. Leur utilisation est soumise à certaines conditions; en particulier, toute utilisation dans un cadre commercial est interdite; prière aussi de penser à ne pas monopoliser de jeton.

• Utilisation depuis un poste Unix:

Il semble que la seule facon d'utiliser Matlab soit en mode ligne-à-ligne; mais seul le bureau matlab fonctionne ainsi.

• Commande:
/usr/local/bin/matlab, lien vers /Applications/MATLAB704/bin/matlab.
Pour éviter des messages de mécontentement, utiliser la commande matlab -nosplash -nojvm.
• Graphiques:
Ils s'affichent normalement dans une fenêtre X11.
• Aide:
- aide ligne-à-ligne: help
- aide dans une fenêtre: helpwin
- aide sur tel sujet, dans une fenêtre: doc tel_sujet
- démonstrations: demo.

 

SCILAB, version 3.0

L'utilisation de Scilab ne peut se faire que depuis un poste unix.
Commande: /sw/bin/scilab.
Graphiques, aide, démonstrations s'affichent normalement dans des fenêtres X11.

 

COMPILATEURS, CALCUL SCIENTIFIQUE

• GNU, gcc version 4.0.0:
• Préprocesseur:
/sw/bin/cpp-4 -> /sw/lib/gcc4/bin/cpp
• C:
/sw/bin/gcc-4 -> /sw/lib/gcc4/bin/gcc
• C++:
/sw/bin/c++-4 -> /sw/lib/gcc4/bin/c++
/sw/bin/g++-4 -> /sw/lib/gcc4/bin/g++
/sw/lib/gcc4/bin/c++ et /sw/lib/gcc4/bin/g++ sont exactement les mêmes programmes.
• Fortran 95:
/sw/bin/gfortran -> /sw/lib/gcc4/bin/gfortran
• Apple, gcc version 3.3:
• C:
/usr/bin/cc, /usr/bin/gcc -> /usr/bin/gcc-3.3
• C++:
/usr/bin/c++, /usr/bin/g++ -> /usr/bin/g++-3.3
• Bibliothèque ATLAS (BLAS, LAPACK):

/sw/include/cblas.h
dans /sw/lib: libcblas.a, liblapack.a, libatlas.a, libf77blas.a

• Graphique:

/sw/bin/gnuplot